Основные препятствия в практике — болезни, желания и страсти, перерывы в практике. Йогин должен иметь решительность, подобную решимости героя, чтобы продолжать свою битву за Освобождение, и упорно вести практику с мужеством и настойчивостью.

Трудности

В начале практики из-за того, что энергетические каналы нечисты, йогин может сталкиваться с физическими трудностями. У него могут появляться боли в теле или заболевания, которых у него раньше не было. Иногда он будет чувствовать потерю сил, иногда — лень и апатию, иногда — сильную слабость. Все эти трудности могут сильно досаждать йогину и останавливать его прогресс.

Боли

Когда ветры поднимаются по боковым каналам (иде и пингале), йогин чувствует интенсивное жжение. Когда поднятая Кундалини первый раз входит в центральный канал, в отверстии сушумны ощущается боль.
Если йогин начинает интенсивно выполнять пранаямы, мудры, поднимать огонь, он может ощутить боли в теле. Это связано с тем, что прана начинает поступать в те места, где каналы сужены или закупорены. Сужение и закупорка каналов вызывает застой или непроходимость пран-ветров через это место, а это ведет к нарушению циркуляции крови. Когда происходит перераспределение праны, и она пытается пробиться через закупоренные участки нади или через суженные места, йогин чувствует боль — это прана вытесняет нечистую энергию клеш из каналов, «сражаясь» с ней.
Во время пранаям боль может быть острой, а затем быстро исчезать. Это указывает на то, что прана в один момент пробила загрязненные или суженные каналы.   
В другом случае боль сопровождает обострение хронической болезни и длится днями или неделями. Она исчезает сразу, если йогин прекращает практику, и возобновляется, если йогин начинает практиковать. Если были ушибы, переломы, хронические воспаления, то при усилении праны в этих местах некоторое время будет чувствоваться боль. Иногда болит все тело, что указывает на многочисленные засоры в каналах. В этом случае следует мужественно продолжать практику и позволить энергии очистить все каналы до конца.
Если энергия проходит по каналам без препятствий, никогда нет ощущений боли или дискомфорта.

Тошнота при дисбалансе пран

Тошнота может возникать при дисбалансе пран, когда все ветры поднялись к голове, а нижние чакры опустошены. В этом случае йогину нужно много ходить, есть плотную пищу и концентрироваться на трех нижних чакрах.
Другой вид тошноты связан с сильной работой огня, когда ветер не может подняться из-за засоров в каналах или плохой пищи. Здесь следует выполнять гаджа-карани-крийю.

Раскачивание, вибрации, дрожь и подпрыгивание тела

Если йогин напряжен и не умеет расслабляться, то ветер, поднимаясь, наталкивается на спазмированные участки в теле, тогда оно начинает сотрясаться. Иногда это сопровождается самопроизвольным сокращением ануса, эрекцией, втягиванием живота и мышц промежности (уддияна-бандхой и мула-бандхой). Иногда спина выгибается, а голова откидывается назад, трясется таз, вибрирует живот как при агнисара-крийе, трясутся плечи, иногда выворачивает шею, и закатываются глаза. При этом йогин чувствует себя нормально, он ощущает восходящий поток энергии. Он начинает подпрыгивать, сидя в позе лотоса, стоя в трайя-бандхе, и все тело ощущает вибрации. Некоторые называют это дардри-сиддхами — силой прыгучести, как у лягушки, и говорят, что эти ощущения предшествуют левитации. Они проходят, если йогин расслабляется или меняет позу. Если же он не может расслабиться, они утомляют и изматывают. Такие вибрации указывают на начальную стадию чистоты нади.   

Потеря сознания
(обморок)

Иногда, если йогин интенсивно медитирует, но не умеет укореняться и объединяться с энергией красной капли (бинду) в нижних чакрах, энергия ветра может резко подниматься к верхним чакрам, и йогин может терять сознание. Это не опасно, через некоторое время он самостоятельно приходит в себя. Иногда он засыпает, потеряв сознание, а затем пробуждается. Чтобы привести человека в сознание, нужно сильно надавить на точку под носом у верхней губы.

Эмоции, плач, слезы, смех

Когда нечистые праны вытесняются из каналов, могут возникать сильные эмоциональные состояния или звуки — это освобождаются подавленные нечистые энергии йогина, уступая место чистой пране.